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Ortíz-Zayas J.. Interacciones humanas en el ambiente hidrográfico de Puerto Rico. Santo Domingo, República Dominicana: Universidad Autónoma de Santo Domingo; 2015.
Ortíz-Zayas J.. Los embalses de Puerto Rico: desarrollo histórico, impactos ambientales y retos para su manejo sustentable.; 2014.
Ortíz-Zayas J., Hernández O.. Proyecto Interdisciplinario para mejorar el aprendizaje de las matemáticas y las ciencias (PIMAMC). San Juan, PR: Escuela de Educación, Universidad de Puerto Rico, Recinto de Rio Piedras; 2014.
Ortíz-Zayas J.. Hacia un manejo sustentable del agua en Puerto Rico: el caso del Rio Fajardo. San Juan, PR: Escuela de Educación, Universidad de Puerto Rico, Recinto de Rio Piedras; 2014.
Ortíz-Zayas J.. Sistemas no convencionales de tratamiento de aguas en Puerto Rico. San Juan, PR: Escuela de Educación, Universidad de Puerto Rico, Recinto de Rio Piedras; 2014.
Ortíz-Zayas J.. Problematización e interdisciplinariedad en PIMAMC: Actividades y aprendizajes a través de la limnología. San Juan, PR: Escuela de Educación, Universidad de Puerto Rico, Recinto de Rio Piedras; 2013.
Ortíz-Zayas J.. El Rio Grande de Loíza: su embalse, historia, cuenca y limnología. San Juan, PR: Escuela de Educación, Universidad de Puerto Rico, Recinto de Rio Piedras; 2013.
Ortíz-Zayas J., Barberena-Arias M.. La complejidad ecológica de un bosque tropical urbano. Acta Científica. 2014;1-3:109-120.
Ortíz-Zayas J.. Potential ecosystem-level implications of climate change in a coastal ephemeral lagoon in the Guanica Biosphere Reserve, Puerto Rico. University of Puerto Rico, Rio Piedras; 2009.
Ortíz-Zayas J.. Desarrollo de escenarios de cambio en uso de terreno en Puerto Rico para las cuencas del Río Grande de Manatí y del Río de La Plata. Manati Municipal Library. Manatí, P.R.: Interamerican Institute for Climate Change, Center for Applied Tropical Ecology and Conservation, The Nature Conservancy, Coticam; 2011.
Ortíz-Zayas J.. Cambio climático y su potencial efecto sobre las cuencas y la alteración de los caudales de los ríos en Puerto Rico. Universidad Nacional Pedro Henríquez Ureña (UNPHU), Santo Domingo, República Dominicana; 2011.
Ortíz-Zayas J., Figueroa-Nieves D, Seguinot J.. Los impactos ambientales sobre ríos y quebradas: un enfoque ecohidrológico. In: Impactos ambientales en las islas de Puerto Rico. San Juan, Puerto Rico: Editorial SM; 2011. 7. p. 78-92p.
Ortíz-Zayas J., Terrasa-Soler J., Urbina L., Vaughn J.. Historic Water Resources Development in the Río Fajardo Basin, Puerto Rico, and Potential Hydrologic Implications of Recent Changes in River Management. In: Watersheds: Management, Restoration and Environmental Impact. New York: Nova Science Publishers, Inc; 2010.
Ortíz-Zayas J.. Luquillo Schoolyard LTER, Internado de Investigación Ecológica. San Juan: Institute for Tropical Ecosystem Studies, University of Puerto Rico at Río Piedras; 2010.
Ortíz-Zayas J.. Eleven new actions for the Comprehensive Conservation Management Plan of the San Juan Bay Estuary Program. San Juan, P.R. .; 2011.
Ortíz-Zayas J.. Conexión Natural. Parte 1. De la cima al arrecife. Video Documentary produced by Maria Falcón (DVD); 2011.